यस शाखाको कार्यविबरण निम्नानुसार छ:

• ईपिडेमियोलोजीतथामहामारीव्यवस्थापनसम्बन्धीआवश्यक राष्ट्रिय कानून, नीति तथा रणनीतितयार गर्न स्वास्थ्य तथा जनसंख्या मन्त्रालयलाई सहयोग गर्ने ।
• स्वास्थ्य जन्य प्रकोप, महामारी तथा अन्य स्वास्थ्य आपतकालिन अवस्थाको व्यवस्थापन तथा पुर्वतयारी सम्बन्धी आवश्यक राष्ट्रिय कानून, नीति तथा रणनीतितयार गर्न स्वास्थ्य तथा जनसंख्या मन्त्रालयलाई सहयोग गर्ने ।
• ईपिडेमियोलोजीतथामहामारीव्यवस्थापनसम्बन्धमा मापदण्ड, प्रोटोकल तथा निर्देशिका तयार गर्ने ।
• प्रदेश र स्थानीय तहमा ईपिडेमियोलोजीतथामहामारीव्यवस्थापनव्यवस्थापनका लागि आवश्यक सहयोग तथा समन्वय गर्ने ।
• ईपिडेमियोलोजीतथामहामारीव्यवस्थापनसम्बन्धी संघस्तरको बार्षिक कार्य योजना तर्जुमामा सहयोग तथा कार्यान्वयन गर्ने ।
• ईपिडेमियोलोजीतथामहामारीव्यवस्थापनलागि संघीय स्तरमा सम्बद्द निकायहरुसँग समन्वय तथा सहकार्य गर्ने ।
• ईपिडेमियोलोजी, महामारीतथाआपतकालिन अवस्थाको व्यवस्थापनसम्बन्धीसूचना व्यवस्थापन तालिम लगायतका संघीय कार्यक्रमहरुमा समन्वय र सहयोग गर्ने ।
• प्राकृतिक प्रकोपबाट स्वास्थ्य क्षेत्रमा पर्ने असर न्यूनिकरण एवं रेस्पोन्स गर्नका साथै महामारी नियन्त्रणका लागि बहुनिकाय समन्वयगर्ने ।
• प्राकृतिक प्रकोप पश्चात् विस्थापित समुदायमा रोग फैलिन नदिन प्रदेश तथा स्थानीय तह मार्फत प्रतिकारात्मक र उपचारात्मक सेवा प्रवाहका लागि सहजिकरण तथा समन्वय गर्ने ।
• प्रदेशसँगको समन्वयमा प्राकृतिक प्रकोप पूर्व तयारी तथा व्यवस्थापन गतिविधिको अनुगमन, सुपरिवेक्षणगरी सम्बद्द निकायहरुलाई पृष्ठपोषण गर्ने ।
• महामारीजन्यरोगको नियन्त्रणका लागिद्रुत प्रतिकार्य टोली परिचालन मार्फतप्रकोपकोनियन्त्रणतथा व्यवस्थापनगर्ने।
• रोगहरुकोमहामारी तथा प्रकोपनियन्त्रणकालागिआवश्यकपर्नेऔषधि तथासामग्रीहरुको बफरस्टक व्यवस्थापनका साथै सोका लागि सहजिकरण तथा समन्वय गर्ने।
• रोगहरुकोमहामारी, प्रकोपपूर्वतयारी, रोकथामरनियन्त्रणगतिविधिको अनुगमन, सुपरिवेक्षणगरीपृष्ठपोषणदिने।