यस शाखाको कार्यविबरण निम्नानुसार छ:
- रोग निगरानीतथा अनुसन्धान सम्बन्धी आवश्यक राष्ट्रिय कानून, नीति तथा रणनीतितयार गर्न स्वास्थ्य तथा जनसंख्या मन्त्रालयलाई सहयोग गर्ने ।
- रोग निगरानीतथा अनुसन्धान सम्बन्धमा मापदण्ड, प्रोटोकल तथा निर्देशिका तयार गर्ने ।
- प्रदेश र स्थानीय तहमा रोग निगरानीतथा अनुसन्धानका लागि आवश्यक सहयोग तथा समन्वय गर्ने ।
- रोग निगरानीतथा अनुसन्धान सम्बन्धी संघस्तरको बार्षिक कार्य योजना तर्जुमामा सहयोग तथा कार्यान्वयन गर्ने ।
- रोग निगरानीतथा अनुसन्धानकालागि संघीय स्तरमा सम्बद्द निकायहरुसँग समन्वय तथा सहकार्य गर्ने ।
- रोग निगरानीसम्बन्धीसूचना व्यवस्थापन तालिम लगायतका संघीय कार्यहरुमा समन्वय र सहयोग गर्ने ।
- Early warning reporting system मार्फत महामारीजन्यरोगकोसर्भिलेन्सका लागिआवश्यकता अनुसार प्रदेश तथा स्थानीय तहको समन्वयमा सेन्टिनल अस्पताल स्थापना तथा व्यवस्थापन गर्ने ।
- रोग नियन्त्रण तथा आपतकालिन अवस्थाको व्यवस्थापन सम्बन्धी राष्ट्रिय स्तरमा अनुगमन तथा मूल्यांकन, सर्वेक्षण, सर्भिलेन्स तथा अनुसन्धान गर्ने ।
- प्रदेशसँगको समन्वयमारोग निगरानीतथा अनुसन्धानका गतिविधिको अनुगमन, सुपरिवेक्षणगरी सम्बद्द निकायहरुलाई पृष्ठपोषण गर्ने ।